工资扣税计算方式如下：
个人工资收入，扣除三险一金，减除3500元费用，适用超额累进税率纳税。
按《个人所得税法》和国务院《个人所得税实施条例》规定，职工工资薪金所得，扣除应有个人缴纳的社会基本养老保险、失业保险费、医疗保险费和住房公积金，减除费用3500元后，适用超额累进税率，缴纳个人所得税。
职工应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数 = （扣除三险一金后月收入-扣除标准）×适用税率-速算扣除数。
法律依据如下：
《个人所得税法》
第二条，下列各项个人所得，应纳个人所得税：
一、工资、薪金所得；
第三条，个人所得税的税率：
一、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五（税率表附后）。
第六条，应纳税所得额的计算：
一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。
国务院《个人所得税法实施条例》
第二十五条，按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
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