受疫情影响的用人单位如申请综合工时制，需要支付加班费。受疫情影响的用人单位，可以申请特殊工时，因此，用人单位可以申请综合工时制，用人单位可以灵活用工，采用集中工作、集中休息的方式，但是综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并按《劳动法》的规定支付加班费。
【法律依据】
根据《劳动法》第四十四条，用人单位在休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，用人单位应当支付加班工资，但不受延迟复工限制的用人单位不在此列。
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